Забронировала на отпуск апартаменты. Освободить мы их должны стандартно до 12 часов,

Мы в таком случае делаем так: если нам нужен поздний выезд, то договариваемся на месте. Безусловно, если за несколько часов просят оплатить полный день - это не подходит, но если доплата небольшая - это вариант.
Или второй вариант - оставить вещи на ресепшен Вам всегда позволят бесплатно. До 12 дня номер в Вашем распоряжении - отдыхаете, купаетесь и т. д. , потом чек-аут, вещи оставляете на ресепшен, а сами отправляетесь гулять по городу и наслаждаться жизнью)

Booking.com - это железка, которая НЕ может думать. Договаривайтесь на месте с людьми (а не железякой) сразу по прилету

Можете забронировать дополнительно на 1 день, на 1 чел-ка в дешевом номере. Если на месте договоритесь за пол-цены на ваш номер, то бронь на 1 день отмените (если бесплатная отмена брони предусмотрена) . В Бангкоке за полчаса-опоздали с завтрака, пришли в 12:30, содрали с депозита, как за полную ночь

С 12 до 18 не такая уж и пропасть времени, чтобы нечем ее было заполнить. Оставьте вещи в отеле (камера хранения, ресепшн) и отправляйтесь в кафе-рестораны, на пляж, прогулки по замечательным местам с фотосессией на прощание, магазины...

Конечно перебронировать.

Мы в нашем пансионе "Бонсай" в Праге всегда идем навстречу нашим клиентам. Если, конечно, ваш номер уже забронирован на день вашего отъезда, то вещи можно оставить на рецепшене. В высокий сезон, номера в Праге нарасхват. Если на букинге не стоит бронирование - это еще не значит, что не могли забронировать напрямую с отелем, минуя посредников...