Если шенген просрочен на час - это нарушение визового режима?

Обычно время просрочки измеряется сутками, не часами.
Хотя что там в Литве - не знаю, они всегда русских терпеть не могли.

Высадят и остаят навсегда в Литве? Даже не мечтайте, не получится.

у меня были опоздания и на час, и на 2, и на сутки
не расстреляли

Да, это нарушение - но всегда можно объяснить причину

Почему поезд должен опоздать? Если какая-то авария на линии или сбой расписания, то это форс-мажор, тут вы ни при чем, и ничего не нарушаете. Когда последний раз поезд опаздывал? У вас есть статистика по опозданиям?

если у русских опоздание на минуту на границе россии - сразу к стенке без объяснения- спросят - почему ты опоздал а не поезд

Поезд из Литвы ходит по расписанию, без опозданий, в Москву. Но если что то случится литовцы из Вас всю кровь выпьют, это кошмар, а не граница.

литовцы вовсе не должны вам транспорт под визу подбирать. Не получается на поезде, поезжайте автобусом. Это ваши проблемы, а не погранслужб

Формально - нарушение, но вся Европа смотрит на это сквозь пальцы если просрочка небольшая, те же испанцы терпят до 2-3 дней.

Вся да не совсем - с Литвой и с двумя её товарками, большими "фанатами" России все много хуже.

Конечно как жовто-блокитные прикордонцы докапываться на чистом месте не будут, но будут вести себя как киборги: 00.01 - нарушение, платите штраф. Именно штраф, а не "выселение" из поезда. Несколько лет назад такое опоздание стоило чуть более 100 евро. Сейчас не знаю.

Так что особо сильно боятся нечего, за такие опоздания в SIS не вносят и следующему шенгену ничего не угрожает.