Сделали ли то они это в Message box, это понятно но как они это в видео то вставили???

Какой нафиг месадж бокс?? ?
Видео элементарно делается в Adobe After Effects. Если хотите могу подробнее рассказать. Но для начала рекомендую ознакомится с данной программой.
В двух словах:
- видеопотоки, а также картинки и другие изображения можно в этой программе накладывать слоями
- видео на заднем фоне просто снято (естественной без этого окошка запроса)
- само окошко - это простое изображение, надпись любую можно написать даже в пэйнте без проблем
- здесь используются два рисунка окошка: с ненажатой кнопкой "Да" и второе с нажатой кнопкой
- курсор (стрелка) - это тоже рисунок, его перемещение во времени легко анимируется в афтерэффекте

Теперь как это логически делается:
- снятое видео помещаем на 1-й слой
- картинку с ненажатой кнопкой на 2-й слой (на шкале времени регулируем момент появления этой картинки и момент исчезновения, когда курсор подбегает к кнопке)
- картинку с нажатой кнопкой на 3-й слой (момент появления должен произойти в тот кадр, когда мы подразумеваем, что курсор активировал кнопку "да")
- помещаем картинку со стрелкой курсора на 4-й слой и анимируем его перемещение (это очень просто делается: в начальный момент мы задали одно положение, в конце времени - другое, стрелка будет сама перемещаться во времени по кратчайшему пути, путь можно задать любой с разной скоростью передвижения) .

Получается, мы на видео видим как появляется это окошко с запросом, подбегает стрелка курсора к кнопке "да", в этот момент окошко исчезает и сразу же в след. кадр появляется окошко с нажатой кнопкой "Да". Между этими моментами нету свободных кадров сцены, поэтому создается иллюзия что кнопка нажалась, а не сменились две разные картинки.

в видео редакторе на другую дорожку jpeg файл поставили и задали количество кадров или время показа jpeg файла