На скалах и утёсах лишайники являются важными первоначальными организмами. Они крепятся к поверхности горной породы или даже проникают внутрь. При этом сильно меняют внешний вид горных пород, особенно их цвет и образуют вокруг себя углубления. Например, когда представители рода Verrucaria поселяются на известняке, тот покрывается чёрными углублениями перитециев — плодовых тел лишайника. После их отмирания поверхность породы густо усеяна ямками. Затем в них появляется зелёный слой водорослей. Несмотря на редкость этих видов, они играют важную роль в выветривании и почвообразовании, часто повсеместно охватывая скалы. Лишайники не делают различий между естественными и искусственными субстратами, покрывая стены, крыши, заборы, надгробия и другие постройки.
Удивительно красочный вид скалам придают крохотные растения-лишайники. Яркой окраской они обязаны лишайниковой кислоте, которая защищает растения от слишком сильных солнечных лучей. Лишайники вырабатывают также различные кислоты, которые буквально разъедают скалы, делая их очень хрупкими. Затем лишайники вводят в камень крохотные корешки и получают минеральное питание прямо из него. Постепенно разрушая скалы таким путем, лишайники превращают их в почву, на которой будут расти и другие растения.
