В Евангелие сказано: "...а который не знал, и сделал достойное наказания, бит будет меньше". А как же "незнание закона не освобождает от ответственности"?

То есть, незнание является смягчающим обстоятельством?

Не всё так просто и категорично. Во времена писания Евангелия было много неграмотных людей и в общем и целом лояльных и законопослушных. К таким жестокие меры принуждения как правило не применялись и тогда ограничивались на первый раз предупреждениями и публичными внушениями (отсюда выражение "Поставить на вид".)

Про покаяние там ничего нет

Вы не видите