"Шарашкина контора" - собирательное презрительно-высмеивающее название никчёмной,несерьёзной организации.Возникло,видимо,в годы НЭПа, когда в Советской России стало разрешено открывать мелкие частные фирмы.Это выражение буквально означает то,что человек с очень простой и произвольно образованной смешной фамилией "Шарашкин",т.е.
"никому неизвестный,какой-то Шарашкин" имеет свою контору."Ну и что из этого?"-скажет человек Запада."У нас полно маленьких фирм,владельцами которых являются никому неизвестные люди.И никто над ними не смеётся,
а даже,наоборот,очень уважают."

При Сталинских концлагерях были отделы, подразделения , где содержались учёные, конструкторы, короче элита общества. Они разрабатывали различные проекты и выполняли задания партии на злобу дня. Их хорошо кормили и было вполне сносное проживание. Наз эти подразделения-- шарашками

некудышная руководства

Тупая контора

от шарашек...