Платится налог на землю под собственным магазином, в наличии акт комерческого использования

Организациями - платится в любом случае, независимо от вида использования.
Предпринимателем - платится тоже в любом случае. Разница только в том, что если земля используется в предпринимательской деятельности, предприниматель обязан сдавать декларацию и самостоятельно рассчитывать и уплачивать земельный налог; при некоммерческом использовании - земельный налог физическому лицу рассчитывает налоговая инспекция.