Велика ли разница между процессорами Core 2 Quad Q6600 и аналогичным 2 Quad Q9650 (или 9550)

Невелика. На равной частоте у них практически одинаковая производительность. 12МБ кэша вместо 8МБ - вот и все отличия, это мало что дает. А техпроцесс на производительность не влияет, лишь уменьшает тепловыделение и энергопотребление.