как перевести видео в 3д анаглиф

А надо? Ты хорошо представляешь, что это такое и чем оно плохо?
Видимо нет.
Вот ссылочка см. ТУТ , почитай.
И пойми главное - в анаглифе ты теряешь цвета и их оттенки, всё становится почти серо-белым. Так что оно того не стоит.