Пересадка в Домодедово..

Мне кажется, что багаж Вам придется получать в Домодедово. Потом идете на регистрацию в Мюнхен. 2 часа должно хватить, если не будет много народа на паспортный контроль.
Моя приятельница летела из Франции через Домодедово и она получала багаж, потом шла на регистрацию на российский рейс. У Вас наоборот) Всегда можно спросить при первой регистрации.