На Ы вроде нет, а вот на Й;
В России - Йошкар-Ола (Республика Марий Эл)
За рубежом:
Йезд (Иран)
Йеллоунайф (Канада)
Йена (Германия)
Йенбай (Вьетнам)
Йенген (новая Каледония, Франция)
Йер (Франция)
Йесан (респ. Корея)
Йечхон (респ. Корея)
Йен (Германия)
Йёнчёпинг (Швеция)
Йиндржихув-Градец (Чехия)
Йирга-Алем
Ймсалми
Йитион
Йитто
Йовил
Йоджу
Йозгат
Йокадума
Йоккаити
Йокмокк
Йоко
Йокосука
Йокоте
Йол
Йола
Йом
Йонаго
Йонан
Йонджу
Йондок
Йонедзава
Йонкерс
Йонхын
Йопаль
Йорк (США)
Йорк (Великобритания)
Йорктон
Йоро
Йосу
Йоутсиярви
Йоханненсбург
Йоэнсуу
Йыгева
Йыланлы
Йювяскюля
Йюлих
Йютерборг
Йямся
вот и все...
Ыспарта
Ыйван
Ыйджонбу
Ыгдыр
Ыныкчан
Ыллымах
Ыйсон
Ытык-Куёль
Ыб
Йонкерс
Йорк Небраска (США)
Йоханнесбург
Йошкар-Ола
Йемен, Йошкар-Ола