Кодировка должна быть одинаковой везде: в базе и ее таблицах, в скриптах, в статических страницах. У тебя несколько вариантов:
1) Наверное самый геморой, но самый правильный способ - перекодировать либо все страницы и скрипты в кодировку базы данных, либо наоборот (вот это и есть гемор) базу в кодировку скриптов
2) Написать метод для связи между базой данных и остальной частью сайта, которая методом iconv будет осуществлять перекодировку данных на входе и на выходе
3) Не писать такой метод, но везде, где запрашиваешь связь с базой, ручками осуществлять перекодировку данных.
И, может я и не прав, но все же задумайся о применении кодировки utf-8_general_ci (особенно, если база данных пока пустая и имеет не слишком большую структуру) : когда у тебя база данных будет в этой кодировке, когда все скрипты и все статические страницы ты будешь создавать в кодировке utf-8, тогда все будет нормально. Для пущей надежности можно с помощью header('Content-type:text/html;charset=utf-8') передавать браузеру информацию о кодировке и тогда у него вряд ли останутся вольности в трактовке...