что можно сделать, если бывшая жена выписала из квартиры. Можно подать заявление в прокуратуру

При чём, в данном случае, прокуратура ? Бывшая жена могла признать вас утратившим право пользования квартирой только в судебном порядке! Если не пропустили срок обжалования, можете подать на решение суда 1-ой инстанции апелляционную жалобу !

Как она смогла без вашего согласия вас выписать

Вероятнее всего она выписала Вашего мужа и тогда надо выяснять сколько он не живёт в её квартире и правовой статус квартиры.
А прокуратура регистрацией не занимается.

Без суда не выпишут. Надо было на суд ходить.

Выписка была через суд. И только в суде можете опротестовать решение, если срок не прошел.

Прокуратура наврятли чем поможет, эта лишняя трата бумаги. А вот узнать каким образом выписали, нужно. Обратиться в суд по месту нахождения или регистрации выписанного гражданина в суд, узнать в суде были ли рассмотрены исковые требования о признании утратившим право проживания в квартире. И если сроки не пропущены и имеются законные основания для проживания. Восстановить нарушенное право через суд. Если сроки пропущены то восстановить срок.
Но есть и еще вариант обжаловать то первоначальное решение во второй инстанции....

если выписала в судебном порядке на законных основаниях. то муж ничего не сможет сделать