Почему при работе с Яндекс диском и Гугл дисками из папок пропадают файлы? Синхронизация включена и работает нормально.

потому что хранить ВСЁ надо в почте Яндекса,
например, в папке "черновики", и никуда ничего не пропадёт,
и синхронизировать не надо, только вовремя добавлять нужное,
но это не для ленивых.