Учусь на втором курсе магистратуры. На 1ом курсе проходил мед. комиссию в военкомате, дали отстрочку.

Странная какая-то отсрочка у вас получилась. Может вам отсрочку по состоянию здоровья дали, а не на время обучения? В любом случае до конца обучения вас не призовут. Надо только взять в ВУЗе справку и представить ее в военкомат.