Я как начинающий программист Java. Вот сам вопрос...

Java-приложение представляет собой байткод, интерпретируемый виртуальной машиной. Чаще всего возникает желание сделать из Java-приложения exe-файл для того, чтобы просто распространять его. Отдал файл - и порядок. При всех преимуществах такого метода у него есть серьезные недостатки.
Дело в том, что от виртуальной машины никуда не деться. Существующие методы создания exe-файла просто сливают в один файл JRE, приложение и его библиотеки. Следовательно, при обнаружении ошибки нужно будет заменять весь exe-файл. В обычном случае - только классы, в которых произошли изменения. То же самое будет при изменении любой из используемых библиотек. Т. е. в случае, когда приложение распространяется по сети, пользователь должен будет каждый раз скачивать всё вместе, вместо того, чтобы заменять только необходимые части. Заменить виртуальную машину тоже не получится. А в случае, когда таких приложений на компьютере несколько - у каждой будет своя виртуальная машина. Вместо того, чтобы всем использовать одну.
Кроме того, так теряется одно из основных преимуществ - переносимость.
Предпочтительнее поступать следующим образом. Приложение распространяется без виртуальной машины, просто в виде набора библиотек и классов самого приложения. Кроме того, пишутся скрипты под различные операционные системы, позволяющие запускать приложение буквально одним кликом. Ну или одной командой.
Есть компилятор: http://jsmooth.sourceforge.net/
В зависимости от настроек он может зависеть от установленной JRE, тогда exe-файл будет меньше.
Либо не зависеть, тогда JRE добавляется в exe-файл и он становится заметно большим.