Может ли отказать СБ в приеме на работу из за не выплат в пенсионный фонд (работал как ЧП)

Не может. Именно в принципе не может. Нет такого основания в ТК РФ.

Нет не могут отказать. Отсутствие отчислений в пенсионный фонд ложаться ответственностью только на Вас.