Можно ли переименовывать папки в электронной книге? Папки, который были в ней изначально.

Крайне не желательно. Зависит от ПО самой книги, но некоторые например не будут искать файл книг, если он НЕ в папке Ebook и файл музыки, в любой другой папке, кроме Sound или Music. Результат - выбираете список книг, а там половины нет. Хотя в памяти они есть. Танцуем с бубном, чтобы открыть...