Зависит от того что шифруем. Если мы не говорим о компьютерах (хотя многое сказанное будет правильно и для них) , то мы имеем следующие варианты
1. Избыточность данных. Пример, детское добавление слогов к словам, чтобы затруднить распознавание чужим. (Шидафр вместо шифр)
2. Замещение ( то есть сдвиг на определенное количество шагов - в зависимости от ключа по алфавиту или против) . Пример: Шифр+1111=Щкхс
3. Решетка - имеется решетка с прорезями в определенной последовательности. В прорези вписываются шифруемые данные по буквам. Потом решетка убирается и пропуски заполняются буквами в случайном порядке. Расшифровать можно только при помощи такой же решетки.
4. Графические шифры ( алфавиты). Пример: пляшущие человечки. В таких шифрах один символ может означать как букву так и слово.. .
Компьютерное шифрование данных основано в принципе на тех же базовых методах, но усложнены за счет алгоритма выбора ключа и самого шифрования.
Вот так если кратко и по-простому...