Почему когда я пользуюсь кистью на маске слоя она не скрывает ненужные части а делает их затемнёнными?

Скорее всего выработаете не по маске слоя. Нужно было сразу предоставить скрин рабочей области, на котором видно проблему. А так только гадать остается...