В чём разница запуска программы напрямую, путём клика на исполняемый файл, и запуском через ярлык...

Разница точно есть, есть программа которая не запускается просто тыкнув на исполняемый файл, но запускается через ярлык на рабочем столе, при этом НИКАКИХ ПАРАМЕТРОВ В ЯРЛЫКЕ НЕ ЗАДАНО