Здравствуйте, кто знает чем имя Софья отличается от Софии или это одно и тоже имя ?

Это одно и то же имя. Корень греческий, означает "мудрость". София - имя парадное, паспортное, официальное. Софья - короче, разговорнее, но все равно строго.