Если взять два тела (например два металлических шарика)

и одно зарядить (например положительным зарядом) , а вторым (незаряженным) телом ударить по первому, то почему в итоге у этих двух тел получаются заряды разноимённые?

Что тут странного? Если одно тело заряжено, а другое нет, по любому будет разница потециалов. Если они соприкоснутся произойдет разряд (ток) свободные электроны атомов одного тела перейдут на свободное место в атомах другого и незаряженное тело обретет заряд противоположенный соприкосаемому телу. Правда при условии, что незаряженное тело не диэлектрик.

С какого это перепугу разноименные?
Сделай шарики из фольги и проверь подвесив их на ниточке. Они будут отталкиваться, а это свойство одноименных зарядов.

бред... сугубо одноименные и равные, в теории