как со своего ноутбука пополнять баланс клиентам в магазине чтобы не ставить терминал? и вообще выгодно ли это?

да, конечно.
например если вы используете карточку Связной Премиум, то со второго месяца вы будете получать 3% со всех платежей, но не более 15 тысяч рублей в месяц в виде бонусов. Эти бонусы несложно обналичить.
Ноутбук для этого не обязателен, это можно делать с почти любого смартфона.