сохраняется ли индексация при переводе человека на контракт?

Индексация - чего?
Зарплата - если, то заключив контракт ( как правило с оплатой выше штатного расписания) вы будете получать только контрактную.
Ведь если и происходит индексация оплаты (повышение) , то только той что утверждена Законодательством ( ЕТС, Постановления правительства или отраслевые нормативные постановления по оплате труда в отрасли) .
Если предприятие коммерческое, то оплата вообще только договорная или контрактная и гос. индексации не подлежит.