При инвентаризации обнаружена недостача. Можно ли ее списать на убытки предприятия?

Нельзя.

Если в результате инвентаризации обнаружена недостача, то необходимо оформить результаты по следующим формам:
-Ведомость результатов, выявленных инвентаризаций (приложение №5 к Методическим указаниям по инвентаризации) ;
-Инвентаризационная опись товарно-материальных ценностей (форма № ИНВ-3- приложение №8 к Методическим указаниям по инвентаризации) .
Данные первичные документы являются основанием для отражения недостач:
Дт 94 Кт 41
При списании потерь от недостачи ценностей, комиссия, состав которой определяет руководитель предприятия, принимает решение о наличии или отсутствии лиц, виновных в порче или недостаче.
Отнесены на виновное лицо суммы недостач и потерь от порчи материальных ценностей:
Дт 73 Кт94
Списаны недостачи и потери от порчи ценностей, если виновные лица не установлены:
Дт 91 Кт 94
Если нет решения следственных или судебных органов, подтверждающие отсутствие виновных лиц, то списанные суммы недостач не уменьшают налогооблагаемую прибыль.
В пункте 3 статьи 170 НК РФ содержится исчерпывающий перечень случаев, в которых налогоплательщик обязан восстановить НДС. Недостача товара при инвентаризации там отсутствует. Тем не менее, в письмах Минфина от 31.07.2006 №03-04-11/132 от 18.11.2005 г. № 03-04-11/308 говорится о том, что в связи с тем что выбывшие в результате недостачи товарно-материальные ценности при осуществлении операций, облагаемых налогом на добавленную стоимость, не использовались, суммы этого налога, ранее принятые к вычету по таким товарно-материальным ценностям, необходимо восстановить. При этом указанное восстановление сумм налога должно производиться в том налоговом периоде, в котором недостающие товарно-материальные ценности списываются с учета.