подскажите почему не работает, ключ на audi a6 c5 2000 2,5 tdi батарейки заменены?

Если имеется в виду то, что ключ перестал открывать машину с пульта после замены батарейки или сам по себе перестал, то его нужно привязать.
Если же отказывается и машину заводить, то тут дело посерьёзней.
Как привязать ключ смотри тут: http://www.audi-club.ru/forum/showthread.php?t=192112&highlight=как+привязать+ключ