Получили новое удостоверение личности , ИП не поменяли будет ли за это штраф?

Не переживайте - никаких штрафов уже быть не может!
с 01.07.2011 г. налоговая САМА должна вносить в ЕГРИП изменения, связанные с изменением паспортных данных и сведений о месте жительства индивидуального предпринимателя - на основании сведений полученных от ФМС.
Источник - п. 4 и 5 ст. 5 ФЗ "О гос. регистрации юр. лиц и индивидуальных предпринимателей" от 08.08.2001 N 129-ФЗ, в ред. от 29.12.2012.