имеют права выставлять штаф за непредоставление среднесписочные сведения за 2011,2012, когда ИП уже закрыто?

Да, имеют. За 3 предшествующих года.
прекращение физическим лицом предпринимательской деятельности не является основанием для неуплаты налогов.

В случае утраты статуса ИП у физического лица сохраняется обязанность подачи налоговых деклараций и уплаты налогов за тот период, когда осуществлялась предпринимательская деятельность.