Были клеммы от трамблера не правильно накинуты на свечи. Имеет ли это какие то глобальные последствия для двигателя?

нет, если только окружающим из-за хлопков

Естественно двигатель троит. И не заметить сразу, это не возможно. А при кратковременной замене, ни каких последствий. Если двигатель с каталитическим нейтрализатором, тогда, не сгоревшая смесь попадает в него, а это уже плохо.