В связи с чем регистрация ООО может длиться более 6 рабочих дней?

Если имеется в виду государственная регистрация юридического лица, то не может никак. В соответствии с ч. 1 ст. 8 Федерального закона от 08.08.2001 года № 129-ФЗ государственная регистрация осуществляется в срок не более чем пять рабочих дней со дня представления документов в регистрирующий орган.