Имеет ли право ФСБ проверить в филиалах РПЦ компьютеры на наличие не лицензионного ПО?

да. это же служба безопасности!!!

Встречный вопрос - Церковь платит налоги с продаж?

а чего это сразу РПЦ? в больницах пусть проверят для начала.

Похоже, что это не компентенция ФСБ.
Абрревиатуру расшифруйте у ФСБ и у вас отпадёт этот вопрос.

да конечно. . и всех пересажать пиратов