Почему температура поверхности солнца около пяти тыс градусов, а его короны может достигать миллионов как идет конвекция?

Это температура ускоренных электромагнитным полем Солнца частиц.

По сути здесь идет речь о двух совершенно различных состояниях вещества, которые пытаются описать одной величиной.

Температура разогретого газа на уровне поверхности Солнца - это все еще температура в термодинамическом понимании.

А вот температура частиц в короне - это уже не термодинамическая температура, а скорее энергия этих частиц, достигающая огромных значений благодаря их разгону в очень мощных электромагнитных полях.

Аналогичный эффект, кстати наблюдается и у Юпитера, имеющего очень сильное магнитное поле. Температура газа в верхних слоях Юпитера - одна (смотрите в Вики) , а частиц, захваченных магнитосферой этой планеты-гиганта - совершенно другая, намного бОльшая.