пришло приглашениес гос. услуг на получение паспорта. в итоге он не напечатан, т. к. не прошел проверку ФСБ такое может быть?

Нет. Результатом госуслуги по выдаче загранпаспорта является или выдача паспорта в срок или выдача письменного обоснованного отказа с указанием причины отказа. Любой другой вариант является административным правонарушением по статье КоАП 5.63 и наказывается штрафом 3-5 тысяч рублей. Советую требовать письменный отказ и параллельно писать в прокуратуру жалобу.