Будет ли отличаться зарплата офицера в тылу военно-морского флота от военного офицера в тылу сухопутных войск?

Сложно сказать, много влияющих факторов. Например: оклад по воинской должности, какие нибудь дополнительные выплаты, выплаты за службу в отдалённой местности, районный коэффициент и т. д. , и т. п. Всё зависит от конкретной должности.