Может ли эмансипация негативно повлиять как то на школу и в дальнейшем? Мне 16 лет.

На школу она повлияет негативно однозначно. так как для признания вас эмансипированным вам в суде нужно будет доказать, что вы имете свой заработок и материально полностью независимы от родителей. При этом вам придется работать и учится если только в вечерней школе