К каким файлам торрент имеет доступ?

Если авторы внедрили в свои программы "закладки" и "бэкдоры" - то разумеется, может. Я реверс-инжинирингом не занимался, поэтому наличие/отсутствие таких закладок не могу ни подтвердить, ни опровергнуть. Какие вам требуются обоснования?

К каким файлам торрент имеет доступ? - Ко всем, которые вы раздаете и скачиваете. Может μTorrent или BitTorrent бесконтрольно скачивать любые файлы с моего компьютера? Может. Но можно ему запретить такие деяния, или поставить ограничение на трафик. В настройках самой программы, или убрать не нужные торенты из раздачи.