Подскажите команду в linux с помощью которой можно искать все несовпадения в двух текстовых файлах.

Консольные: diff (классика жанра) , diff3 (сравнение в трёх файлах, вдруг пригодится )
GUI'овые: Meld, fldiff, Beediff

Плюс, советую заглянуть сюда.