В соответствии с подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ организации, имеющие обособленные подразделения, созданные в виде филиала и (или) представительства, не вправе применять упрощенную систему налогообложения.
Если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством, и не указала его в качестве такового в своих учредительных документах, она вправе применять УСН при условии соблюдения норм главы 26.2 НК РФ.
Позиция Минфина по этому вопросу представлена в письмах от 09.07.2010 N 03-11-06/3/99, от 02.07.2010 N 03-11-06/3/97, от 17.11.2009 N 03-11-06/2/243, от 12.11.2009 N 03-11-06/2/240, а также в письме ФНС России от 03.09.2010 N МН-37-6/10623@. Аналогичной позиции придерживаются судебные органы
Итак, в целях сохранения права на применение специального налогового режима - УСН лучше открыть обособленное подразделение.