Определить падеж слова "кони" в предложении "Покатался я на пони. Это маленькие кони".

Существительное КОНИ в данном предложении употреблено в ИМЕНИТЕЛЬНОМ падеже множественного числа, потому что:
◆ отвечает на вопросы КТО? ЧТО? (это кто? что? – кони);
◆ из 12 падежных форм (6 в единственном числе и 6 – во множественном) окончание -И существительное КОНЬ (начальная форма слова) имеет только в одном падеже – ИМЕНИТЕЛЬНОМ множественного числа;
◆ слово КОНИ в данном предложении является основной частью составного именного сказуемого с нулевой связкой, а склоняемые части речи в таком сказуемом могут употребляться только в именительном и творительном падежах, творительный здесь исключается.

Два именительных падежа в предложениях без однородных членов (однороднее члены ведь тоже могут быть употреблены в именительном падеже, если выражены склоняемыми частями речи) встречаются часто именно в предложениях с составными именными сказуемыми:
◆ Он умный (он – подлежащее, умный – сказуемое; оба слова, и местоимение, и прилагательное, в именительном падеже);
◆ Москва – столица России (Москва – подлежащее, столица – сказуемое; оба главных члена выражены существительными в именительном падеже);
◆ Этот сад мой (сад – подлежащее, мой – сказуемое; оба главных члена, и выраженное существительным подлежащее, и выраженное местоимением сказуемое, в именительном падеже).

Сказуемые в этих предложениях тоже составные именные с нулевой связкой. Не знаю, в каком Вы классе, изучали ли уже тип сказуемых (это материал 8 класса).

В Вашем предложении подлежащее – ЭТО. Оно выражено указательным местоимением в ИМЕНИТЕЛЬНОМ падеже, а составное именное сказуемое – КОНИ. Оно выражено существительным в ИМЕНИТЕЛЬНОМ падеже.
.