разберите предложение по составу: скорее всего, оно было не первым убежищем.

Предложения разбираются по членам, а не по составу.

Скорее всего, оно было не первым убежищем.

Что? оно – подлежащее, выраженное личным местоимением.
Что о нём говорится? что оно было убежищем. Было убежищем – составное именное сказуемое: глагол-связка быть в форме единственного числа среднего рода прошедшего времени + имя существительное в творительном падеже>.не первым – согласованное определение, выраженное порядковым числительным с отрицательной частицей.
Скорее всего – вводное словосочетание, обозначающее меньшую степень уверенности, не член предложения.

Если хотите вовремя получать ответы, то

1) не бросайте на проект задания в том виде, в котором их задаёт учитель;
2) учитесь задавать вопросы, так как подобные задания с проекта рано или поздно удаляются, а участникам проекта вовсе не хочется сначала тратить время на ответ, а потом, когда удалят НЕВОПРОС, терять баллы, полученные за ответ;
3) вопрос задать не так уж и сложно:
Как разобрать по членам предложение? (Само предложение лучше записать в дополнении к вопросы) .