1. "По какому паспорту ему въезжать? русскому или молдавскому? "
Если он уже гражданин РФ, в России он обязан пользоваться исключительно российским паспортом!
2. "Он сразу не может зарегистрироваться по месту проживания, т. к. его родители, собственники жилья, сейчас в магадане и приедут только в середине мая. "
Сразу никто и не заставляет, зарегистрироваться необходимо в течение 90 суток после заселения в жилое помещение.
3. "если он приедет по молдавскому паспорту, станет ли проблемой отсутствие в российском паспорте отметки о пересечении границы? "
Отсутствие отметок - не станет, а вот использование недействительных документов -вполне может (теоретически вплоть до незаконного пересечения границы - потому как иностранные гражданства (паспорта) за российскими гражданами на территории РФ не признаются!) .
Как я уже сказал, обязан въезжать по российскому паспорту.
4. "если нет - хватит ли в этом случае отметки о снятии с консульского учета? "
При чем здесь вообще консульский учет? Есть паспорт - может въехать! Российского гражданина НЕ МОГУТ не пустить в Россию, вне зависимости от отметок и печатей в паспорте. Хотя, если собирается переезжать в Россию, сняться с учета, наверное, нужно.
5. "Может ли он сейчас подать документы на внутренний паспорт? Этот паспорт же месяц делается. Будет ли ему штраф за нарушение миграционного режима? "
А в чем факт нарушения?? ? Нет никаких нарушений. Подаст, когда приедет в Россию.
6. "обычно он регистрировался как иностранец по месту пребывания у соседки по лестничной площадке, может ему въехать последний раз как иностранцу, месяц подождать, выехать, все равно на фестиваль надо будет. "
Че ж Вы так упорно хотите, чтобы он "въезжал как иностранец"? Зачем? Ведь иностранец как раз таки ДОЛЖЕН регистрироваться кровь из носу в течение 7 суток, а гражданин России может не регистрироваться вообще, хоть 10 лет будет жить, никто у граждан РФ на границе регистрацию НЕ ПРОВЕРЯЕТ!
К тому же, в третий раз повторюсь, въезжать по иностранному паспорту гражданин РФ просто не имеет права...