В соответствии со ст. 169 НК РФ счет-фактура является документом, на основании которого покупатель производит расчеты по вычету НДС. И если поставщик представляет вам счет-фактуру, значит он работает с НДС и, даже если Вы не работаете с НДС, то все равно необходимо перечислить НДС. Перечисленный НДС затем регистрируется в соответствующем регистре в зависимости от вида налогообложения. Как правило, счет-фактура хранится совместно с соответствующей накладной.
Счета-фактуры подшиваются в хронологическом порядке. Отдельно вести их регистрацию. Если их не подшивать, как попало хранить - считайте вашу карьеру бухгалтера законченной. Это и отношения с поставщиками товаров, налоговой инспекцией, лицензионными органами, материально- ответственными лицами и даже интересуется иногда полиция и пр. Одним словом, это первичные документы, которые хранятся не менее 4 лет, а при наличии судебной тяжбы и более.