теряется ли градус самогона при очистке и настойке

Нет не теряется. Вы же удаляете примеси, а не спирт. Если не добавляетеся вода, то градус должен только повышаться. Но показания спиртометра могут уйти в минус. Дело в том, что он тупо меряет плотность, а она в результате очистки может измениться. Самогон - это не раствор спирта в воде, а сложная смесь различных веществ. И если после выгонки спиртометр показывает 50 градусов, то это далеко не факт.