Как правильно оформить прием кредитных карт, если у меня одна касса микро и расчетный счет?

В банке где у вас расчетный счет узнайте - предоставляют ли они терминалы по приему платежей.
Если да, то смотрите условия работы - обычно % комиссии от 0,5 до 3-4, процент зависит от оборота, проходящего через терминал. Если он большой, например свыше 100 тыс. р. в месяц, то могут % сделать и = 0. Все зависит от жадности банка. Можно также заключить договор с другим банком, у которого есть возможность предоставить вам терминал.
Терминалы бывают беспроводные и проводные. При беспроводном терминале связь с процессинговым центром банка происходит через gsm-передатчик. С проводным - вам надо иметь линию или интернет или городской телефон. Терминал и его обслуживание банк предоставляет бесплатно.

При оплате товара покупателем картой - прокатываете карту через терминал, если все одобрено - выдаете ему банковский чек из терминала, а затем на кассе выбиваете чек с указанием -"Оплата картой".