Можно ли ИП платить налоги наличкой через кассу, если открыт расчетный счет ?

Да. Для ИП это допускается и не имеет никакого значения ни для налоговой, ни для ПФР и ФСС. Сам так иногда делаю, если на р/с нет денег. Даже если деньги есть на р/с, то все равно можно. Только надо внимательно проверять реквизиты после операционистов сбербанка не отходя от кассы, т, к. они часто ошибаются. Если сами вводите через терминал, то тоже лучше 2 раза проверить прежде чем нажать кнопку оплатить