можно ли платить за негативное воздействие из средств субсидии на выполнение государственного задания?

Субсидии выдаются целевая, Вы имеете право использования только на те цели, на которые она предназначена. Думаю, что государственные субсидии не распространяются на производства оказывающие негативное воздействие на окружающую среду, т.к. модернизация производственного цикла по улучшению воздействия совсем другая программа, Соответственно туда будут поступать средства с прямым указанием цели финансирования.