Подскажите. Если номера счет-фактур идут не по-порядку, например №100 от 20/09, а 104 от 15/09. что за это будет?

Напишут, как запущенность учета. Счета-фактуры должны нумероваться строго по порядку по возрастанию дат. В вашем примере № счета-фактуры от 15/09 должен быть ниже 100.