подскажите, сотрудница принесла продолжение листка нетрудоспособности по беременности и рода, ей продлили на 16 дней так

это же продолжение, т. е. по закону считается точно так же, как и основной больничный.
т. е. просто доначисляете пособие по БиР за 16 к. д. и в ближайший "зарплатный" день выплачиваете.