Возможна ли установка двигателя от ИЖ-Юпитер-5 (или 6) на мотоцикл Ява 350 638. Хотелось бы совместить два данных узла

Обратная замена лутше. Но если так захотелось то в чём проблема.

если поработать болгаркой и сваркой - можно в любом варианте делать совмещение )
но лучшим вариантом будет оставить явский движек в явской раме )))
без шуток - у Явы рама лучше и крепче, чем у Ижа

я не спец в мотах, так, чуток разбираюсь )))
основную проблема в таких заменах - крепление движка к раме (можно элементарно переварить кронштейны) ; и то чтобы ведущая и ведомая звезды лежали в одной плоскости - в принципе можно изготовить (переделать) ведущую звезду с необходимым выносом

Руки приложить так нормально вставить можно. Главное цепь ровно поставить. Её, кстати, лучше ижевскую оставить, придётся заднюю звезду менять.
Гайцы могут не понять данной рацухи и с регистрационными действиями могут возникнуть проблемы.